Haruhi Fujioka è una studentessa della Ouran High School, una scuola immaginaria collocata a Bunkyō, Tokyo. A causa degli enormi costi delle uniformi scolastiche, Haruhi decide di vestirsi in modo alternativo. Inoltre, racconta la ragazza, durante l'ultimo anno delle scuole medie un bambino le aveva attaccato una gomma da masticare ai capelli, cosa che l'ha costretta a tagliarli. Ciò causa un grande fraintendimento da parte degli altri studenti, che scambiano facilmente Haruhi per un ragazzo.
Cercando un posto isolato per studiare, Haruhi capita nell' Aula di musica numero tre, il luogo di ritrovo e di lavoro dell' Ouran Host Club, un gruppo formato da sei studenti attraenti (Takashi "Mori", Mitsukuni "Honey", Hikaru e Kaoru, Tamaki, e Kyoya) che spendono il loro tempo incantando ed intrattenendo le studentesse in cambio di soldi. Durante il loro primo incontro, Haruhi rompe accidentalmente un vaso dal valore di 8.000.000 yen.
In modo da ripagare il grande debito Haruhi viene assunta per svolgere lavoretti domestici. Il presidente del Club, senza sapere che in realtà Haruhi è una ragazza, le promette di farla diventare parte effettivo del club non appena riuscirà a dimostrare il suo potenziale. Dopo aver scoperto la vera identità della ragazza, i ragazzi lasciano continuare Haruhi a lavorare nel club in modo da ripagare il suo debito.